Am 1. September 2005 nahm die PHBern ihren operativen Betrieb auf, am 4. November gleichen Jahres fand im Bierhübeli der Eröffnungsanlass statt. Von Mario Annoni, dem damaligen Erziehungsdirektor und Regierungspräsidenten, erhielt der neue Rektor Hans Peter Müller symbolisch eine PHBern-Krawatte überreicht. Der Festredner Peter Bieri, bekannt als Pascal Mercier und Autor des Bestsellers "Nachtzug nach Lissabon", fragte: "Wie wäre es, gebildet zu sein?" 

Die PHBern wurde gegründet, um die Ausbildung und Weiterbildung von Lehrerinnen und Lehrern zu vereinen. Ein weiteres Ziel war, Lehre und Forschung in den Studiengängen stärker zu verbinden. Unter dem Dach der PHBern vereinigten sich sechs Institute. Zwei davon gehörten vorher zur Universität: das Institut Vorschulstufe und Primarstufe sowie das Institut Sekundarstufe I. Die Abteilung für das Höhere Lehramt der Universität Bern wurde als Institut Sekundarstufe II in die PHBern integriert. Drei weitere Organisationseinheiten, die vorher der Erziehungsdirektion unterstellt waren, kamen neu als Institute hinzu: das Institut für Heilpädagogik, das Institut für Weiterbildung und das Institut für Bildungsmedien. Zudem wurde das Private Institut Vorschulstufe und Primarstufe NMS der PHBern angegliedert. Im ersten Jahr waren über 2'000 Studierende eingeschrieben.