Hans Peter Müller, der Gründungsrektor der PHBern, ging Ende August 2009 in Pension. Er leitete die PHBern fünfeinhalb Jahre. Martin Fischer, der damalige Schulratspräsident, sagte bei Müllers Abschied, dass er die richtige Person zur richtigen Zeit am richtigen Ort war. In einer Zeit des grossen Wandels brauchte es Menschen wie ihn, die Altes mit Neuem verbinden können. Müller sei es gelungen, Ängste abzubauen, Vorurteile zu entkräften und Neuerungen mit Überzeugungskraft und stichhaltigen Argumenten durchzusetzen. Für Hans Peter Müller war es wichtig, die Studierenden auch auf die oft unplanbare Beziehungsarbeit vorzubereiten. Die PHBern sollte ihren Studierenden nicht nur Wissen und Fähigkeiten vermitteln, sondern auch die Persönlichkeit der zukünftigen Lehrperson stärken. Es ging darum, wie Lehrpersonen ihre Aufgabe angehen und wie sie eine tragfähige Beziehung zu ihren Schülerinnen und Schülern aufbauen.
Martin Schäfer, der bisherige Leiter des Instituts Sekundarstufe I, trat 2009 die Nachfolge von Hans Peter Müller an. Schäfer hatte in verschiedenen Funktionen in der Schule und in der Lehrpersonenbildung gearbeitet. Nach seiner Lehrerausbildung am Staatlichen Seminar Bern Lerbermatt begann er als Lehrer der Sekundarstufe I an der Schule Spiegel und arbeitete dort fünfzehn Jahre. Parallel zu seiner Tätigkeit an der Schule Spiegel studierte Martin Schäfer an der Universität Bern pädagogische Psychologie, Geografie und allgemeine Pädagogik. 1999 schloss er mit einem Lizenziat in pädagogischer Psychologie ab. In den darauffolgenden Jahren verfasste er seine Dissertation zum Thema Schulleitung und Schulentwicklung. 1997 übernahm er zusätzlich eine Rolle in der Schulleitung der Schule Spiegel. Von 1999 bis 2002 unterrichtete er auch am Staatlichen Seminar Bern Lerbermatt. Im August 2005 wurde er Leiter des Instituts Sekundarstufe I der PHBern.