Die PHBern schuf mit dem Joint Master Fachdidaktik Sport 2016 ein erstes Angebot, um sich in einer Fachdidaktik auf Hochschulniveau zu qualifizieren, zu promovieren oder zu forschen. Diesen Masterstudiengang bietet die PHBern gemeinsam mit der Universität Bern an. Damit richtete sich die PHBern erstmals auch an Personen mit einem Hochschulabschluss, die sich fachdidaktisch spezialisieren wollen.  

Zusammen mit weiteren Partnerhochschulen entwickelte die PHBern zwei weitere Masterstudiengänge in Fachdidaktik: Der Masterstudiengang Fachdidaktik Textiles und Technisches Gestalten-Design (TTG-D) ermöglicht seit 2017 eine vertiefte Auseinandersetzung mit der Fachdidaktik des Schulfachs Textiles und Technisches Gestalten. Kooperationspartner ist die Berner Fachhochschule (BFH). Das Studium erfolgt sowohl an der PHBern als auch an der BFH. Seit 2018 bietet die PHBern gemeinsam mit der PH Luzern und in Zusammenarbeit mit der Universität Bern den Masterstudiengang Fachdidaktik Natur, Mensch, Gesellschaft und Nachhaltige Entwicklung (NMG+NE) an.