An der PHBern gibt es acht Forschungsschwerpunkte und ein offenes Forschungsprogramm. Geleitet werden sie von erfahrenen Forschenden, die eigene Projekte durchführen und die wissenschaftliche Nachwuchsförderung unterstützen. Zudem pflegen sie regionale und internationale Kooperationen mit Wissenschaft und Praxis. Die beiden Schwerpunktprogramme Kompetenzorientierter Fachunterricht sowie Berufsbiografien und Professionalisierung von Lehrpersonen wurden abgeschlossen.